拡張子htmlでもPHPを動かす様に設定している場合、XHTMLをきちんと使うとショートタグは使えません。
.htaccessにphp_flag short_open_tag offを追加するかphpで出力するしかありません。
サーバー管理者なら、php.iniで変更してもいいかもしれませんが、誰かがショートタグを使っていると困りますね。
php.iniの場合
short_open_tag = Off
Lintでチェックして高得点をつけるXHTMLを書きたかったらこの設定は必須。